免疫肽组是指对有核细胞在参与抗原呈递途径中的MHC I类或II类蛋白质上呈递的多肽的研究,该技术对于探究细胞介导和体液反应介导的免疫原性表位具有至关重要的作用,k8凯发官网可提供该技术。
通过MHC抗体富集MHC及其结合肽,使用高深度质谱仪tims TOF HT进行检测。随后采用Deep novo深度测序技术,通过连续迭代预测氨基酸,从而从串联质谱(MS/MS)数据中重建多肽序列。不需要序列数据库,因此可以从质谱数据中预测未知多肽的氨基酸序列,有助于发现新抗原、开发疫苗以及推进癌症免疫治疗。
鉴定与病原体相关的多肽抗原,现疫苗的候选目标,设计和开发更有效的疫苗
研究肿瘤免疫肽组在肿瘤进展过程中的变化,帮助理解肿瘤与免疫系统的相互作用
血液HLA作为标志物,在预测疾病风险、指导治疗、提高治疗效果等方面发挥着关键作用
国内首装高分辨率的timsTOF HT质谱仪整合了第四代超高离子容量的TIMS-XR分析器和更先进的数字转换技术。新的设计为无与伦比的蛋白质组学分析深度和高通量定量分析提供了更宽的动态范围。能够在细胞和组织的定量蛋白质组学分析中,实现更高的蛋白覆盖深度。
Deep Novo是一种基于深度学习的从头测序算法,通过连续迭代预测氨基酸从而预测MS/MS扫描的肽段。在每一步,Deep Novo预测下一个氨基酸和它的分数。得分代表某个特定氨基酸出现在氨基酸测序内某个位置的概率。然后计算预测肽的得分作为其氨基酸得分的平均值。这种新工具可以提高氨基酸和其水平的准确性。
分析内容能够将新序肽段测序结果与数据库搜索结果相结合。新序肽段序列与蛋白质数据库条目对齐,提供有关翻译后修饰、突变、同源肽段和新肽段的额外信息。
基于免疫亲和力纯化以及高效液相色谱-质谱联用(HPLC-MS/MS)的方法,通过大规模免疫肽组学能揭示人类蛋白质组中的热点区域,这类热点区域与肽表位有更好的识别与结合能力,包括识别突变衍生的新表位,从而治疗基因突变性肿瘤,实现个体化精准治疗。
发表期刊:Emerging Microbes & Infections
影响因子:8.4
发表单位:德国图宾根大学
发表时间:2024.02.08
发表期刊:Nature Communications
影响因子:14.7
发表单位:芬兰赫尔辛基大学药学院
发表时间:2023.11.03
内容 | 种属 | 样本类型 |
HLA分型 | 人和鼠(MHC-I型) | 骨髓或者外周血:体积≥2 mL,白细胞计数(3.50~9.50)×10^9/L;EDTA或枸橼酸钠抗凝,不可用肝素抗凝剂。 |
免疫肽组分析 | 人和鼠(MHC-I型) | 细胞:2*108; 组织:200mg |