1）先进行转录组学研究，将转录组学数据翻译成蛋?作为蛋?质组学分析的理论数据库。基于转录组数据的蛋?质组学分析得到的蛋?数据更加全?。
2）来源于近缘物种的数据库，需要评估近缘物种的数据库全面程度，以及近源程度。
3）通过基因组数据得到蛋?质组数据库，由基因到转录，再由转录?蛋?中间既涉及不同的RNA可变剪切?涉及到蛋?的不同装配，过程比较复杂，以此得到的的蛋?序列可信度较低,且耗时长、费?高。
定量蛋?质组学主要是?于筛查和寻找任何因素引起的样本间的差异表达蛋白，进而对?物学功能或机理改变进?阐释。因而如果您的研究关注的是处理组与对照组、健康组与患病组、突变组与对照组，或者不同发育时期或疾病发展阶段的蛋?质改变，可以选择定量蛋?质组学进?研究。
目前来说，用的最多的是UniProt KB（Universal Protein），是信息最丰富、资源最?的蛋白质数据库。他的数据主要来?于基因组测序项?完成后，后续获得的蛋?质序列，每?个蛋白对应?个唯?ID，同时包含了?量来自?献的蛋?质的生物功能的信息。
其次是美国的NCBI Genebank，从公共资源中获取序列数据，主要是科研?员直接提供或来源于大规模基因组测序计划。Gene Bank数据库同?蛋?会有多种不同形式的ID，另外是注释信息较少。
?般情况优先推荐使?Uniprot，当研究物种在Uniprot收录蛋白较少时可使?Gene Bank数据库或其他数据库。
Label-free较可?于差异较?的样本（不同物种、不同组织部位），对仪器稳定性要求较?。
iTRAQ和TMT较适?于同?物种同?组织类型的样本，是“共有”蛋?比较，稳定性重复性好，同?次实验受样本个数限制。
DIA较适?于?规模样本研究，稳定性好，不受样本个数限制，需要预先建?library。
外泌体是包含了复杂RNA和蛋白质的小膜泡(30-150nm)，现今，其特指直径在40-100nm的盘状囊泡。所有培养的细胞类型均可分泌外泌体，且外泌体天然存在于体液中，包括血液、唾液、尿液、脑脊液和乳汁中。
外泌体在分泌细胞和受体细胞间的穿梭介导了细胞间的?物分子传递，是不同组织细胞间信息沟通的重要媒介，外泌体通过携带来自分泌细胞的多种RNA，蛋?和脂成分，参与?谱的?理和病理过程，包括炎症反应、肿瘤转移、心血管疾病等。 随着蛋白质组学技术的快速更新 ，外泌体特异蛋?质的研究将具有巨?的前景。
宏蛋白组可以与宏基因组、宏转录组和宏代谢组联合分析。多组学的方法能够使?们解释基本的?物学问题，如样本中都有哪些物种组成（宏基因组），哪些基因表达为mRNA（宏转录组），哪些mRNA进?步翻译为蛋白（宏蛋白组），在特定条件下哪些参与代谢的物种存在或者代谢物质的波动情况（宏代谢组）。这些方法的结合可以提供丰富的信息并可以?来进?表型模型的预防。
宏蛋?组学是应?蛋?组学技术对微?物群落进?研究的?项新技术，在特定时间对微?物群落的所有蛋白组的组成进行大规模的鉴定。
